商鞅打扮成一个老百姓，打算跑到别国去。他到了函关（在河南省灵宝县南），天黑下来了，只好上一家客店去住。客店老板要检查凭证，商鞅可交不出来。老板说：“你这位客人真不明白。商君下过命令，不准我们收留没有凭证的人。我要是收留你，我的脑袋可就保不住了。”商鞅一听，这可真是哑巴吃黄连———有苦说不出。
当天晚上，他不能住店，不过给他混出了函关，连夜逃到魏国。魏惠王恨他当初欺骗了公子印，夺去了西河，正想抓他，好报当年的仇。商鞅这才觉得这么大的天下，容不下他这么一个人。他又跑回商于。秦惠文王立刻发兵转往商于，把商鞅活活地逮住，用最残酷的刑罚把他弄死。有的说，他的身子是叫车马撕开的。有的说，他的脑袋和两只手两只脚上各拴上一匹马，有五个人往五个方向打马，那五匹马分头一跑，商鞅的身子就这么扯成五六块。这就叫“五马分尸”。商鞅自己被弄死了不算，全家还被灭了门。
五马分尸是一种极其残酷的刑罚，商鞅推行变法，立下不小的功劳，在历史上也有很深的影响，但他自己却没有处理好多方面的关系，因而得到了一个走投无路的结局。